La terza doppietta del team in quattro gare in questa stagione ha lasciato a Verstappen sei punti di vantaggio sul messicano in una lotta a due per il titolo.
Il pilota olandese è partito in prima fila a Baku, prendendo il comando dalla Ferrari di Charles Leclerc al quarto giro ma rientrando ai box poco prima dell'ingresso della safety car.
Perez, che non aveva ancora effettuato il pit stop e che ha potuto farlo senza perdere posizioni, ha sfruttato al meglio la sua fortuna.
Verstappen ha dichiarato di aver sperimentato per tutta la gara le regolazioni del volante, alla ricerca di un migliore equilibrio della vettura.
"Credo di aver trovato un buon compromesso verso la fine della gara, perché penso che i miei ultimi 10 giri siano stati molto più veloci. Ed ero molto più soddisfatto della macchina, di come si comportava", ha detto ai giornalisti.
"Quindi, tutto sommato, posso ritenermi soddisfatto del secondo posto", ha aggiunto il vincitore della scorsa edizione.
"Voglio dire, ovviamente si vuole sempre vincere, giusto? Ma credo che a volte sia necessario questo tipo di situazioni per imparare e capire meglio la macchina, di cosa ha bisogno la macchina per andare più veloce.
"A volte, su un circuito cittadino come questo, queste cose vengono fuori, mentre potrebbero essere un po' mascherate su una pista normale a causa del comportamento generale della vettura. Quindi, forse questa è stata una buona giornata per andare avanti".
Il terzo posto è il massimo che la Ferrari potesse fare, dice Leclerc
"La Ferrari è ancora troppo lenta per vincere, e il terzo posto dietro le Red Bull nel Gran Premio dell'Azerbaigian di domenica è stato il massimo a cui potevano aspirare", ha dichiarato Leclerc dopo aver conquistato il primo podio della stagione di Formula Uno per la sua squadra.
Leclerc è partito dalla pole position e si è piazzato secondo nella volata del sabato dallo stesso posto in griglia, ma non è riuscito a rimanere in testa per più di tre giri.
"Era il massimo che potessi fare oggi, o che potessimo fare come squadra", ha detto il monegasco, che ha concluso a 21 secondi dal vincitore Perez in quella che ha dichiarato essere la sua gara "più solitaria di sempre".
"La strategia era davvero buona, tutto era davvero buono, ma oggi non avevamo abbastanza ritmo in macchina per lottare con le Red Bull. Inoltre, l'Aston Martin sembra avere una macchina in corsa più forte della nostra. Abbiamo cercato di stare davanti a Fernando (Alonso), alla fine è andata così. La realtà è che abbiamo molto lavoro da fare per tornare a vincere".
Leclerc era arrivato a Baku con un misero bottino di sei punti nelle prime tre gare, grazie a due ritiri, ma è ripartito con un totale di 28 punti. Il compagno di squadra spagnolo Carlos Sainz è arrivato quinto. La Ferrari ha in cantiere dei miglioramenti, previsti per la gara di casa a Imola in maggio, ma Leclerc ha detto di aspettarsi piccoli passi piuttosto che miracoli.
Il capo della squadra Fred Vasseur ha detto che il fine settimana è stato un'iniezione di morale per la squadra."È stato importante per la motivazione", ha detto il francese. "Bisogna prendere il lato positivo del fine settimana. Penso che sul giro (in qualifica) il ritmo ci fosse e ora dobbiamo migliorare un po' nello stint lungo".