Il pilota della Red Bull, vincitore della gara sprint disputata in precedenza, ha fatto segnare un giro veloce in 1 minuto e 31,373 secondi, precedendo le due Ferrari di Charles Leclerc e Lewis Hamilton. Il leader del campionato Kimi Antonelli ha chiuso quarto con la Mercedes.
Il campione del mondo in carica Lando Norris è stato il quinto più veloce con la McLaren, mentre George Russell ha fatto segnare il sesto tempo.
Russell, però, partirà dal fondo della griglia dopo essere stato penalizzato per aver utilizzato troppe componenti nuove.
Oscar Piastri (McLaren), Pierre Gasly (Alpine), Liam Lawson e Arvind Lindblad (entrambi della RB) hanno completato la top 10 dei tempi.
La sessione si è svolta interamente sull'asciutto, dopo che la pioggia aveva condizionato la gara sprint precedente, nella quale anche Verstappen era partito dalla pole.
Partire davanti a tutti offre al 29enne olandese la piattaforma ideale per andare a caccia della sua prima vittoria in un GP a Singapore.
Verstappen non è mai salito sul gradino più alto del podio nella Città del Leone nelle nove precedenti partenze in gara dal suo debutto nel 2015.
"Naturalmente sono molto felice di essere in pole, perché questa era quella che volevo", ha detto Verstappen.
"La macchina è stata piuttosto competitiva per tutto il fine settimana. Ci sono sempre aspetti che possono essere migliorati, ma è stato sufficiente per la pole.
"Siamo stati protagonisti di una tendenza positiva, quindi per noi è davvero speciale conquistare la pole qui."
Verstappen ha conquistato una settimana fa in Malesia la sua prima vittoria in un Gran Premio in questa stagione, per poi centrare in precedenza il successo in una gara sprint di Singapore bagnata e movimentata.
Verstappen, partito dalla pole, è stato superato da Russell al via dello sprint di 20 giri. L'inglese è però andato a sbattere al termine del primo giro, su una pista resa fradicia da un improvviso acquazzone caduto 10 minuti prima dell'orario di partenza previsto.
Verstappen ha chiesto al suo team di risolvere i problemi della partenza lenta della sua Red Bull prima della gara principale di domenica.
"La partenza è stata di nuovo orrenda, quindi è sicuramente qualcosa su cui dobbiamo lavorare, perché se domani dovesse succedere una cosa del genere, la gara sarebbe finita", ha detto Verstappen dopo la sprint.
Non hanno raggiunto la sfida finale per la top 10 dalla Q2 Nico Hulkenberg, 11° più veloce con l'Audi, seguito da Oliver Bearman (Haas), Esteban Ocon (Haas), Carlos Sainz (Williams), Gabriel Bortoleto (Audi) e Franco Colapinto (Alpine).
Tra le vetture eliminate in Q1 c'era, a sorpresa, la Red Bull di Isack Hadjar, vittima di problemi meccanici e incapace di far segnare un tempo sul giro.
Non ha più preso parte alle qualifiche, così come Valtteri Bottas e Sergio Perez sulle Cadillac, le due Aston Martin di Fernando Alonso e Lance Stroll e la Williams di Alex Albon.
Alonso ha detto ai giornalisti che avrebbe dovuto cambiare il motore prima della gara e partire dal fondo.