L'incidente si è verificato mercoledì al termine dei quarti di finale della Coppa di Turchia, che la squadra di Mourinho ha perso 2-1 in casa.
Dopo il fischio finale, il 62enne portoghese sembra aver pizzicato il naso di Okan Buruk, che poi è caduto drammaticamente a terra.
"A Mourinho sarà vietato l'accesso allo spogliatoio e alla panchina per tre partite ufficiali", ha dichiarato la TFF in un comunicato.
Mourinho salterà le partite contro Trabzonspor, Sivasspor e Kayserispor. Il Fenerbahce è secondo nella Super Lig, con sei punti di svantaggio dal Galatasaray e una partita in meno.