Il terzino destro francese è uscito per infortunio durante l'emozionante pareggio per 3-3 dell'andata di mercoledì, con il ritorno previsto per martedì prossimo a San Siro.
"Gli esami effettuati questa mattina hanno evidenziato che il giocatore della prima squadra Jules Koundé ha una lesione al bicipite femorale della coscia sinistra", ha dichiarato il Barcellona in un comunicato.
I giganti catalani non hanno specificato il periodo di assenza previsto, ma Kounde è in forte dubbio per la sfida del Clasico con il Real Madrid in Liga dell'11 maggio e non sarà disponibile per la trasferta di sabato contro il Real Valladolid.
Il Barça è in vantaggio di quattro punti sugli acerrimi rivali e insegue una potenziale quadrupletta in questa stagione.
Eric Garcia ha sostituito il terzino destro del Barca contro l'Inter nel secondo tempo allo Stadio Olimpico.
Kounde, 26 anni, ha giocato 53 partite per il Barcellona in questa stagione in tutte le competizioni.